上訴人（原審原告）：恩施自治州翔宇建設(shè)工程有限公司，住所地湖北省恩施市鳳凰大道190號。
法定代表人：王耀明，董事長。
委托訴訟代理人：祝方兵，男，公司職員。
委托訴訟代理人：毛承鋒，湖北中利律師事務(wù)所律師。
上訴人（原審被告）：恩施百利房地產(chǎn)開發(fā)有限責(zé)任公司，住所地湖北省恩施市小渡船辦事處市府路卷煙綜合大樓。
法定代表人：郭本新，經(jīng)理。
委托訴訟代理人：尹衛(wèi)東，男，公司員工。
委托訴訟代理人：童軍，湖北施南律師事務(wù)所律師。
被上訴人（原審被告）：恩施州煙草物資供應(yīng)有限責(zé)任公司，住所地湖北省恩施市施州大道2號。
法定代表人：向明參，經(jīng)理。
委托訴訟代理人：譚平，湖北施南律師事務(wù)所律師。

上訴人恩施自治州翔宇建設(shè)工程有限公司（以下簡稱翔宇建設(shè)公司）、上訴人恩施百利房地產(chǎn)開發(fā)有限責(zé)任公司（以下簡稱百利開發(fā)公司）因與被上訴人恩施州煙草物資供應(yīng)有限責(zé)任公司（以下簡稱煙草供應(yīng)公司）建設(shè)工程施工合同糾紛一案，不服湖北省恩施市人民法院（2018）鄂2801民初12號民事判決，向本院提起上訴。本院于2019年7月26日立案后，依法組成合議庭，于2019年8月1日公開開庭進行了審理。上訴人翔宇建設(shè)公司的委托訴訟代理人祝方兵、毛承鋒，上訴人百利開發(fā)公司的委托訴訟代理人尹衛(wèi)東、童軍，被上訴人煙草供應(yīng)公司的委托訴訟代理人譚平到庭參加訴訟。本案現(xiàn)已審理終結(jié)。
翔宇建設(shè)公司上訴請求：1.請求依法改判增加一項判決內(nèi)容：判決百利開發(fā)公司立即支付剩余1%的質(zhì)量保證金620803.85元，并自2017年8月29日起以620803.85元為基數(shù)按照中國人民銀行發(fā)布的同期同類貸款利率承擔(dān)利息至全部款項付清之日；2.判令被上訴人承擔(dān)本案一、二審的訴訟費。事實與理由：一審法院在判決書中認定“被告百利開發(fā)公司扣留特別約定的質(zhì)保金620803.85元”，其事實認定及適用法律錯誤。1.住房和城鄉(xiāng)建設(shè)部、財政部制定的《建設(shè)工程質(zhì)量保證金管理辦法》第二條規(guī)定：“本辦法所稱建設(shè)工程質(zhì)量保證金是指發(fā)包人與承包人在建設(shè)工程承包合同中約定，從應(yīng)付的工程款中預(yù)留，用以保證承包人在缺陷責(zé)任期內(nèi)對建設(shè)工程出現(xiàn)的缺陷進行維修的資金。缺陷是指建設(shè)工程質(zhì)量不符合工程建設(shè)強制性標(biāo)準(zhǔn)、設(shè)計文件，以及承包合同的約定。缺陷責(zé)任期一般為一年，最長不超過2年，由發(fā)、承包雙方在合同中約定?！痹摋l明確規(guī)定了工程質(zhì)量保證金的定義及范圍，根據(jù)該條規(guī)定，質(zhì)保金最長應(yīng)在2年內(nèi)返還。該辦法中工程質(zhì)量保證金的缺陷責(zé)任期與案涉合同中工程質(zhì)量保修期是不同的兩個概念，不能混為一談，質(zhì)保金的返還應(yīng)該適用工程質(zhì)量保證金管理辦法的規(guī)定。2.案涉工程合同附件一工程質(zhì)量保修書第2.2條關(guān)于工程質(zhì)量保修期填寫日期的一共有四項，其中第1項合理使用年限50年，第2項5年，第3項2年，第5項2年。案涉工程于2015年8月28日就已通過竣工驗收并隨后于同年9月交付使用。如果將50年期滿認定為剩余質(zhì)保金的返還之日，則明顯顯失公平。與常理不符，違背交易習(xí)慣、公序良俗。且第3項、第5項2年期也早已到期。該辦法第八條規(guī)定：缺陷責(zé)任期從工程通過竣工驗收之日起計。由于承包人原因?qū)е鹿こ虩o法按規(guī)定期限進行竣工驗收的，缺陷責(zé)任期從實際通過竣工驗收之日起計。由于發(fā)包人原因?qū)е鹿こ虩o法按照規(guī)定期限進行竣工驗收的，在承包人提交竣工驗收報告90天后，工程自動進入缺陷責(zé)任期。
百利開發(fā)公司上訴請求：撤銷一審判決第一、二項并改判。事實與理由：一、一審認定事實錯誤。1.一審認定涉案合同及《補充協(xié)議書》全部有效錯誤。2013年5月23日，百利開發(fā)公司與翔宇建設(shè)公司同日簽訂了《建設(shè)項目工程總承包合同》和《補充協(xié)議書》，但其中關(guān)于人工單價調(diào)整的依據(jù)、工期延誤、工程計量和計價、工程價款支付與索賠、竣工結(jié)算與結(jié)算款、質(zhì)量保證金的扣留及返還、退還履約擔(dān)保的時間、違約金數(shù)額等許多關(guān)鍵條款均與招投標(biāo)文件約定不一致，根據(jù)最高人民法院《關(guān)于審理建設(shè)工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋（二）》第十條“當(dāng)事人簽訂的建設(shè)工程施工合同與招標(biāo)文件、投標(biāo)文件、中標(biāo)通知書載明的工程范圍、建設(shè)工期、工程質(zhì)量、工程價款不一致，一方當(dāng)事人請求將招標(biāo)文件、投標(biāo)文件、中標(biāo)通知書作為結(jié)算工程價款的依據(jù)的，人民法院應(yīng)予支持”的規(guī)定，本案應(yīng)將招標(biāo)文件、投標(biāo)文件、中標(biāo)通知書等作為結(jié)算工程價款的依據(jù)。百利開發(fā)公司已在一審提出按照招標(biāo)文件結(jié)算的要求，但一審法院未理睬?！督ㄔO(shè)項目工程總承包合同》、《補充協(xié)議書》中與招標(biāo)文件、投標(biāo)文件、中標(biāo)通知書等載明的工程范圍、建設(shè)工期、工程質(zhì)量、工程價款等實質(zhì)性內(nèi)容不一致的條款應(yīng)當(dāng)認定為無效，一審判決認定全部有效錯誤。2.一審判決認定應(yīng)按《補充協(xié)議書》中約定的“人工單價按照鄂建文（2012）85號《省調(diào)價通知》進行調(diào)整”錯誤，因為：（1）涉案工程項目招標(biāo)文件專用條款P88第70條之補充條款中已明確約定“人工單價按照鄂建文【2011】80號《關(guān)于調(diào)整我省現(xiàn)行建設(shè)工程計價依據(jù)定額人工單價的通知》進行調(diào)整”；（2）翔宇建設(shè)公司在其投標(biāo)文件所附關(guān)于響應(yīng)招標(biāo)文件的各項投標(biāo)承諾中均已明確承諾：“我公司經(jīng)過對本工程的招標(biāo)文件和施工圖認真閱讀，結(jié)合本公司實際施工能力及現(xiàn)行國家有關(guān)施工規(guī)范、政策、法規(guī)，我公司對招標(biāo)文件中所有條件、規(guī)定、規(guī)范及合同協(xié)議條款均表示完全認可?！保?）涉案《中標(biāo)通知書》（編號：ESBT-12067-A）中標(biāo)人的投標(biāo)文件主要內(nèi)容一覽表中明確記載：中標(biāo)價59023001.89元（其中土建部分35379527.4元，裝飾部分12289985.89元，安裝部分7253488.6元，電梯2100000元，預(yù)留金2000000元），且此中標(biāo)結(jié)果已于2012年12月20日在建設(shè)行政主管部門招投標(biāo)管理機構(gòu)辦理了備案。若按鄂建文【2012】85號《關(guān)于調(diào)整我省現(xiàn)行建設(shè)工程計價依據(jù)定額人工單價的通知》進行調(diào)整，則導(dǎo)致在不屬于涉案合同通知條款可變更范圍的前提下，于工程開工前就將合同價款由中標(biāo)價59023001.89元變更為61971011.79元（按鑒定機構(gòu)湖北東方宏宇工程咨詢有限責(zé)任公司分別出具的兩份鑒定意見中僅就人工單價調(diào)整一項的對比差額2948009.9元計算），使雙方就實質(zhì)性內(nèi)容享有的權(quán)利義務(wù)發(fā)生了較大變化，也侵害了其他投標(biāo)人的合法權(quán)利，違反我國《招投標(biāo)法》的規(guī)定。綜上，本案應(yīng)某招投標(biāo)文件的要求及約定，以鄂建文【2011】80號《關(guān)于調(diào)整我省現(xiàn)行建設(shè)工程計價依據(jù)定額人工單價的通知》作為調(diào)整人工單價的依據(jù)。3.一審判決認定應(yīng)由百利開發(fā)公司承擔(dān)工傷保險費錯誤。本案所涉及到的工傷保險費，已在涉案項目招標(biāo)控制價中單獨列項，翔宇建設(shè)公司也已在其投標(biāo)報價中按照規(guī)定計取，其投標(biāo)報價清單中已包含“社保費”項目，且已作為中標(biāo)結(jié)果記載于中標(biāo)通知書中并備案，該費用屬合同金額的組成部分，若再由百利開發(fā)公司支付屬于重復(fù)計算。翔宇建設(shè)公司將其列入竣工決算應(yīng)屬于財務(wù)成本的范疇，并不代表應(yīng)計入工程造價由百利開發(fā)公司承擔(dān)。4.一審判決支持工程款遲延支付的利息及違約金錯誤。翔宇建設(shè)公司無權(quán)獲得所謂“工程款遲延支付利息”的索賠。因為翔宇建設(shè)公司提交的工程價款支付申請，不能等同于百利開發(fā)公司應(yīng)支付的工程價款，更不能以翔宇建設(shè)公司申請的工程價款為依據(jù)來計算所謂的工程款遲延支付利息。（1）在百佳苑C棟所涉（2018）鄂2801民初15號民事判決書，就同一事項的判決結(jié)果是“原、被告雙方就工程進度款未約定具體數(shù)額，被告是否延遲支付進度款，原告未提供充分的證據(jù)證實，本院亦無法確認，故原告主張被告支付延遲支付工程進度款利息，本院不予支持?！保?）翔宇建設(shè)公司于2014年1月20日提交編號1《工程款支付申請表》及附件計算方法，申請百利開發(fā)公司付款，原因為：“由于臨近年關(guān)，我單位需要支付人工工資及材料款，特此申請支付-3.9m層以下70%工程款計10995127.59元”。該項工程總監(jiān)簽署的意見為：“已完工程量屬實，按合同約定未達到支付條件，但考慮到春節(jié)期間人工工資，請業(yè)主酌情考慮?！卑凑昭a充協(xié)議雙方約定工程進度款支付的具體時間和金額“……至主體四層，支付已完成工程量的70%價款……”以及與翔宇建設(shè)公司的合同協(xié)議書和備案中標(biāo)通知書分別記載的“工程內(nèi)容及規(guī)模：框架結(jié)構(gòu)主體20層，地下室2層，架空層1層，建筑面積42667.58㎡及“中標(biāo)價59023001.89元（其中土建部分35379527.4元，裝飾部分12289985.89元，安裝部分7253488.6元，電梯2100000元，預(yù)留金2000000元）”計算，百利開發(fā)公司只應(yīng)支付工程進度款4953100元,實際支付6000000元，反而多付工程進度款1046900元，并非翔宇建設(shè)公司所主張的欠付工程進度款8833000元。即使“整個工程竣工驗收后，工程進度款付至總價款的70%”，也只應(yīng)累計支付41316100元，而翔宇建設(shè)公司主張累計支付的工程價款卻為60538000元，超過應(yīng)支付價款19221900元。且翔宇建設(shè)公司及一審判決在計算利息時所采用的并非中國人民銀行發(fā)布的同期同類貸款利率。（3）在翔宇建設(shè)公司急需流動資金周轉(zhuǎn)時，百利開發(fā)公司分別于2015年4月13日和2015年10月10日兩次給翔宇建設(shè)公司預(yù)借工程款3000000元和2000000元，共計5000000元。按照這兩份協(xié)議，翔宇建設(shè)公司自愿就上述預(yù)借工程款項從結(jié)算工程價款中分別另行扣減300000元和120000元，共計應(yīng)扣減420000元。（4）由于雙方就最終結(jié)算審計金額始終未能達成一致意見，所以一直無法確定最終的工程總價款，即使按補充協(xié)議約定：整個工程竣工驗收后（審計結(jié)束前），工程進度款付至總價款的70%。目前百利開發(fā)公司已累計支付總價款49797740.36元，占合同總價款59023001.89元的84.37%；如果剔除電梯設(shè)備款2100000元（已單獨支付給電梯供應(yīng)商）和預(yù)留金2000000元后，合同總價實際應(yīng)為54923001.89元，已付款占比更已高達90.67%。（5）招標(biāo)文件通用條款58.2.5、59.1、59.2、59.3等條款中明確約定了翔宇建設(shè)公司應(yīng)向百利開發(fā)公司提交申請索賠的憑證及時限，并在涉案招標(biāo)文件通用條款59.4無權(quán)提出索賠價款中明確約定：“如果承包人提出的索賠未能遵守59.1款至59.3款，則承包人無權(quán)獲得索賠或只限于獲得由造價工程師按提供記錄予以核實的那部分款額。”同樣，《建設(shè)工程工程量清單計價規(guī)范》（GBS50500-2008）條文說明4.6.2也規(guī)定“本條規(guī)定了承包人向發(fā)包人的索賠應(yīng)在索賠事件發(fā)生后，持證明索賠事件發(fā)生的有效證據(jù)和依據(jù)正當(dāng)?shù)乃髻r理由，按合同約定的時間向發(fā)包人提出索賠。發(fā)包人應(yīng)按合同約定的時間對承包人提出的索賠進行答復(fù)和確認。當(dāng)發(fā)、承包雙方在合同中對此未作具體約定時，按以下規(guī)定辦理：1.承包人應(yīng)在確認引起索賠的事件發(fā)生后28天內(nèi)向發(fā)包人發(fā)出索賠通知，否則，承包人無權(quán)獲得追加付款，竣工時間不得延長?！北景钢校栌罱ㄔO(shè)公司并未按涉案招標(biāo)文件相關(guān)的條款約定和相關(guān)規(guī)范的規(guī)定，按合同約定時間主張延遲支付工程款的利息，已喪失相應(yīng)權(quán)利，其在訴訟中再來主張按涉案合同通用條款約定計算遲延支付工程款的利息（而且該主張也已超過訴訟時效），法院亦不應(yīng)再予支持。另，涉案《補充協(xié)議書》中有關(guān)“支付違約金貳佰萬元”的約定，背離了招標(biāo)文件、投標(biāo)文件和實質(zhì)性內(nèi)容，也應(yīng)屬無效。百利開發(fā)公司不應(yīng)承擔(dān)工程款延期支付利息，更不該承擔(dān)所謂違約金2000000元。百利開發(fā)公司應(yīng)按招標(biāo)文件特別約定、翔宇建設(shè)公司招標(biāo)文件的承諾以及《預(yù)借資金協(xié)議書》等，分別從應(yīng)付翔宇建設(shè)公司的工程款價中另行直接扣減超過8﹪部分的審計費用513464.64元、工期延誤的賠償金33000元和預(yù)借資金占用費420000元。5.一審判決認定司法鑒定費全部由百利開發(fā)公司承擔(dān)錯誤。百利開發(fā)公司已委托審計機構(gòu)對涉案工程項目進行審計，原結(jié)算中介機構(gòu)已多次函告翔宇公司結(jié)算審核結(jié)果，只是翔宇建設(shè)公司不接受該審計結(jié)果才導(dǎo)致訴訟并鑒定，并非因百利開發(fā)公司違約而產(chǎn)生鑒定及鑒定費。二、一審判決采信證據(jù)不當(dāng)。一審法院委托的鑒定機構(gòu)在其鑒定報告中對爭議部分的計價方法不符合招投標(biāo)文件的約定及造價規(guī)范，存在明顯錯誤：1.土石方開挖工程量不符。湖北天地人勘測設(shè)計咨詢有限公司對項目區(qū)域的原始地貌數(shù)據(jù)、開發(fā)范圍、開挖后數(shù)據(jù)等進行復(fù)核和佐證，并對現(xiàn)場進行了復(fù)測。復(fù)測結(jié)果以及原百佳苑前期場平土石方工程專業(yè)第三方測量機構(gòu)恩施高源勘測設(shè)計有限公司出具的原始地形圖及竣工驗收報告，均足以證明前期場平土石方工程已開挖至設(shè)計標(biāo)高，翔宇建設(shè)公司竣工結(jié)算資料中涉及到樁基及土石方等資料與相關(guān)歷史資料、原始地貌資料、現(xiàn)場痕跡照片以及地勘報告、施工同期的市場價格等嚴重不符，不應(yīng)采信。尤其是作為鑒定主要證據(jù)之一廣泛使用的、翔宇建設(shè)公司結(jié)算資料中所裝訂的2013年9月4日所謂的“會談紀要”并非百利開發(fā)公司下發(fā)，與百利開發(fā)公司主要負責(zé)會議記錄的工作人員所記錄的原始筆記內(nèi)容不符，百利開發(fā)公司多次陳述該份“會議紀要”不能作為鑒定證據(jù)使用，在鑒定過程中也多次提出質(zhì)疑，一審中再次對其真實性提出質(zhì)疑并隨書面質(zhì)證材料一并提交給一審法院。而并非如一審法院認定所說“原告未對會議紀要表示異議，即是雙方合意的表現(xiàn)”。2.將爭議項目全部列入雙方無爭議工程造價中，屬于“以鑒代審”。《建設(shè)工程造價鑒定規(guī)范》（GB/T51262-2017）5.2.6規(guī)定：“鑒定機構(gòu)收到當(dāng)事人對鑒定意見書征求意見稿的復(fù)函后，鑒定人應(yīng)某復(fù)函中的異議及其相應(yīng)證據(jù)對征求意見稿逐一進行復(fù)核、修改完善，直到對未解決的異議都能答復(fù)時，鑒定機構(gòu)再向委托人出具正式鑒定意見書?！倍景歌b定機構(gòu)無視百利開發(fā)公司多次提出的書面異議，反而將爭議部分全部列入雙方無爭議工程造價中，屬于“以鑒代審”。3.對爭議項目的計價方法不符合招投標(biāo)文件的約定及造價規(guī)范。如：①樁基超深所謂的驗收工程量與地勘資料及施工現(xiàn)場實際嚴重不符，翔宇建設(shè)公司的竣工結(jié)算資料中既無現(xiàn)場簽訂，更無工程價款調(diào)整報告等相關(guān)程序資料。②很多項目鑒定的綜合單價變化幅度超過約定比例后沒有相應(yīng)調(diào)整翔宇建設(shè)公司的綜合單價，而是直接采用其送審價或投標(biāo)價。③重復(fù)計取滴水線等項目的工程量和造價。4.擅自增加工程量。例如：在架空層地面卷材防水、后補簽證增加場內(nèi)轉(zhuǎn)運、變形縫、地面分隔縫及屋面排氣管電氣配線及線槽、木質(zhì)防火門等項中，一是部分項目在翔宇公司投標(biāo)清單、送審的結(jié)算資料及原結(jié)算審核中均無此內(nèi)容；二是上述各項工程量均不在2018年11月30日雙方已核對簽字確認的范圍內(nèi)。5.兩份鑒定報告的鑒定綜合單價相差巨大，但無任何依據(jù)佐證。鑒定機構(gòu)沒有提供任何其他依據(jù)佐證，更未在2018年11月下旬核對工程量過程中征得雙方當(dāng)事人的協(xié)商同意，而前后兩次鑒定綜合單價卻相差甚遠，甚至有部分鑒定綜合單價增幅高達一倍以上。鑒于鑒定機構(gòu)存在諸多明顯錯誤，對其出具的鑒定報告中有爭議部分均不能直接作為定案證據(jù)。三、一審判決適用法律依據(jù)錯誤。一審判決招標(biāo)代理費由百利開發(fā)公司承擔(dān)，依據(jù)的是《招標(biāo)代理服務(wù)收費管理暫行辦法》第十條關(guān)于“招標(biāo)代理服務(wù)實行“誰委托誰付費”，但是國家改革委辦公廳在2003年9月15日發(fā)布的《關(guān)于招標(biāo)代理服務(wù)收費有關(guān)問題的通知》中，已將該規(guī)定修改為“招標(biāo)代理服務(wù)費用應(yīng)由招標(biāo)人支付，招標(biāo)人、招標(biāo)代理機構(gòu)與投標(biāo)人另有約定的，從其約定”。因此，由中標(biāo)人承擔(dān)招標(biāo)代理費是行業(yè)慣例，也并不違反法律法規(guī)的強制性規(guī)定，在百利開發(fā)公司并無代繳書面委托的前提下，祝方兵從其個人賬戶向招標(biāo)代理機構(gòu)繳納的招標(biāo)代理服務(wù)費與百利開發(fā)公司并無實際關(guān)聯(lián)，不能由此證明該項費用應(yīng)由百利開發(fā)公司承擔(dān)。一審判決適用行政法規(guī)不當(dāng)，據(jù)此作出的“由于該項費用誰委托誰付費，本應(yīng)由招標(biāo)委托人即被告百利開發(fā)公司承擔(dān)，現(xiàn)已由原告墊付，被告百利開發(fā)公司應(yīng)當(dāng)支付給原告223500元”的判決錯誤。綜上，一審判決認定基本事實錯誤，采信證據(jù)不當(dāng)且適用法律法規(guī)有誤，導(dǎo)致判決結(jié)果錯誤。
煙草供應(yīng)公司辯稱：翔宇公司的上訴請求沒有事實依據(jù)，請依法駁回；對百利開發(fā)公司的上訴請求沒有異議。
翔宇建設(shè)公司向一審法院起訴請求：1.判令百利開發(fā)公司、煙草供應(yīng)公司連帶支付翔宇建設(shè)公司工程款24481612.77元，以及自2016年2月24日起以上述工程款為基數(shù)以月利率2%計算利息，直至付清工程款之日止；2.判令百利開發(fā)公司、煙草供應(yīng)公司連帶支付翔宇建設(shè)公司違約金2000000元；3.判令翔宇建設(shè)公司對上述債權(quán)享有優(yōu)先受償權(quán)；4.判令百利開發(fā)公司、煙草供應(yīng)公司承擔(dān)本案訴訟費、保全費、律師費、保全擔(dān)保費、公告費等一切訴訟相關(guān)費用。一審審理中，翔宇建設(shè)公司將訴訟請求變更為：1.判令百利開發(fā)公司、煙草供應(yīng)公司連帶支付翔宇建設(shè)公司工程款12479162.67元，及百利開發(fā)公司、煙草供應(yīng)公司應(yīng)向翔宇建設(shè)公司支付尚欠利息3939628.17元（截至2018年12月30日），并按尚欠工程款12479162.67元為基數(shù)自2019年1月1日起至工程款全部付清之日按中國人民銀行同期同類貸款利率計算的利息；2.判令百利開發(fā)公司、煙草供應(yīng)公司連帶支付翔宇建設(shè)公司違約金2000000元、司法鑒定費620000元、招標(biāo)代理費223500元；3.判令翔宇建設(shè)公司對上述債權(quán)享有優(yōu)先受償權(quán)；4.判令百利開發(fā)公司、煙草供應(yīng)公司連帶支付訴訟費、保全費、保全擔(dān)保費等訴訟相關(guān)費用。
一審法院認定事實：百利開發(fā)公司為煙草供應(yīng)公司于2007年11月27日獨資設(shè)立的子公司，注冊資本10000000元。同日，煙草供應(yīng)公司對百利開發(fā)公司的注冊資本10000000元繳納完成。
2012年，百利開發(fā)公司為開發(fā)建設(shè)“百佳苑”小區(qū)，擬對案涉工程進行招投標(biāo)。為此，翔宇建設(shè)公司于2012年12月20日向招標(biāo)代理人恩施市百通招標(biāo)代理有限公司交納招標(biāo)代理費223500元。
在招投標(biāo)文件（節(jié)選）中顯示的主要內(nèi)容有：合同價格調(diào)整方式采用固定單價合同；雙方約定工程進度款支付的具體時間和金額為按工程進度支付，具體支付方式簽訂施工合同中另行協(xié)商；結(jié)算時間、程序約定：工程竣工驗收并經(jīng)審計確認后，累計付至最終審計確認的工程價款的95%，其余5%作為工程質(zhì)保金，待24個月質(zhì)保期滿后工程質(zhì)量符合本合同相關(guān)約定無息付清余款（質(zhì)量保證金返還的其他約定：①工程竣工驗收后24個月內(nèi)質(zhì)量無缺陷，無息返還4%；②余下1%，待質(zhì)量保修責(zé)任期滿后一次性無息返還）；約定結(jié)算特殊要求：承包方不得高估冒算，擅自提高工程結(jié)算申報金額。若經(jīng)中介造價機構(gòu)審減金額超過8%時，超過部分審計費用應(yīng)由承包方支付并承擔(dān)一定違約責(zé)任；補充條款（第70條）約定：人工單價按照鄂建文[2011]80號《省調(diào)價通知》進行調(diào)整。
2013年5月23日，經(jīng)招投標(biāo)，百利開發(fā)公司將案涉工程建設(shè)項目發(fā)包給翔宇建設(shè)公司施工，雙方為此簽訂《建設(shè)項目工程總承包合同》即案涉合同，約定的主要內(nèi)容有：工程規(guī)模為框剪結(jié)構(gòu)主體20層、地下室2層、架空層1層，建筑面積為42667.58平方米，工期從下達開工令之日起660天，合同價格為59023001.89元，除根據(jù)合同約定的在工程實施過程中需進行增減的款項外，合同價格不作調(diào)整。在該合同第三部分即專用條款中，約定的有：第13條變更和合同價格調(diào)整之13.2.6、13.5變更價格確定及第14條合同總價和付款至之14.4.1工程進度款、14.4.2其他進度款、14.5.2缺陷責(zé)任保修金的支付、14.6按月工程進度申請付款、14.7按付款計劃表申請付款，均約定為：見補充協(xié)議。第15條保險之15.1承包人投保15.1.1合同雙方商定，由承包人負責(zé)投保的保險種類、保險范圍、投保金額、保險期限和持續(xù)有效的時間：按國家有關(guān)規(guī)定執(zhí)行。案涉合同還對其他相關(guān)事項進行了約定。同日，雙方簽訂案涉補充協(xié)議。
《補充協(xié)議書》約定的主要內(nèi)容有：結(jié)合本工程實際情況，雙方就本工程施工、結(jié)算有關(guān)事項協(xié)商一致，訂立本補充協(xié)議，合同與本補充協(xié)議相悖之處，以本補充協(xié)議為準(zhǔn)。一、工程概況（略）。二、承包人向發(fā)包人提供履約擔(dān)保的約定：1.擔(dān)保金額：按中標(biāo)金額的5%提交履約保證金；2-3（略）；4.退還履約保證金的時間：工程竣工驗收合格后，一次性退給承包人，不計利息。三、工程計量與計價：招標(biāo)文件中約定的計價要求：以實際完成項目及工程量按中標(biāo)單價結(jié)算。四、合同價款與調(diào)整：1.本工程合同價格調(diào)整方式為：固定單價合同；2.政策性文件引起的價款變更按文件規(guī)定執(zhí)行。五、工程價款支付：基礎(chǔ)部分（正負零）完成且驗收合格，支付總價款的5%；至主體四層，支付已完成工程量的70%價款；以后每完成四層支付已完成工程量的70%價款；主體封頂經(jīng)驗收合格，支付已完成工程量的70%價款；裝飾工程部分，按工程月進度分項付款，付款額為該分項已完工程量的70%；整個工程竣工驗收后，工程進度款付至總價款的70%；審計結(jié)算后，支付至總價款的90%；備案后支付總價款5%；余下總價款的5%作為質(zhì)保金。六、雙方關(guān)于結(jié)算的約定：⑴（因變更、工程量增減引起的合同價格變化）（略）；七、約定結(jié)算特殊要求：1.承包人不得高估冒算，擅自提高工程結(jié)算申報金額，若經(jīng)中介造價機構(gòu)審減金額超過8%時，超過部分審計費用應(yīng)由承包方支付；2.發(fā)包人收到承包人遞交的竣工結(jié)算報告之日起九十個工作日內(nèi)審計完畢，結(jié)算審計具體實施時間以承包人送達完整審計資料為準(zhǔn)。八、違約責(zé)任：1.承包人若違反在投標(biāo)文件中的投標(biāo)承諾，則按投標(biāo)承諾承擔(dān)違約責(zé)任；2.除本協(xié)議約定的違約責(zé)任外，任何一方有其他違約行為的，須向守約方支付違約金2000000元，并賠償守約方因此造成的損失。九、補充條款：……人工單價按照鄂建文[2012]85號《省調(diào)價通知》進行調(diào)整，發(fā)布新的文件時按新的文件規(guī)定調(diào)整……。
2013年10月5日，案涉工程的監(jiān)理單位向翔宇建設(shè)公司下發(fā)了《工程開工令》，翔宇建設(shè)公司遂施工建設(shè)。期間，百利開發(fā)公司向翔宇建設(shè)公司支付了工程款49797740.36元（付款時間見預(yù)付工程款明細表）。
2015年8月28日，案涉工程經(jīng)建設(shè)單位即百利開發(fā)公司、施工單位即翔宇建設(shè)公司、監(jiān)理單位、勘察單位、設(shè)計單位驗收，并形成《建筑工程竣工驗收報告》，驗收結(jié)論為合格。2015年9月1日，翔宇建設(shè)公司將案涉工程移交給百利開發(fā)公司，并形成《百佳苑A棟住宅鑰匙移交單》，百利開發(fā)公司對案涉工程接收并使用。2015年10月14日，翔宇建設(shè)公司向百利開發(fā)公司報送工程竣工結(jié)算資料，并形成《百佳苑A棟結(jié)算資料提交（接收）清單》，報送結(jié)算金額為74148612.77元。
百利開發(fā)公司在收到竣工結(jié)算資料后，委托案外人鼎正工程咨詢股份有限公司對案涉工程進行審計。2016年2月24日，鼎正工程咨詢股份有限公司向翔宇建設(shè)公司發(fā)送《關(guān)于恩施百佳苑小區(qū)一期A棟工程結(jié)算審核征求意見函》，稱：受百利開發(fā)公司委托，對翔宇建設(shè)公司報送的案涉工程結(jié)算進行審核，現(xiàn)已出具初步審核結(jié)果，該工程送審總造價74148612.77元，初步審定造價55396972.73元，審減18751640.04元，分項明細見附表，現(xiàn)將該初步成果送達給翔宇建設(shè)公司，請翔宇建設(shè)公司即時核對，在十五日內(nèi)提出書面反饋意見。逾期無反饋意見的，視為已經(jīng)認可。2016年3月6日，翔宇建設(shè)公司回函，表示不予認可該造價審定。2016年3月15日，鼎正工程咨詢股份有限公司再次函告翔宇建設(shè)公司，以翔宇建設(shè)公司未完整提交防雷工程等部分結(jié)算審核資料為由，將初步審定造價確定為55380107.65元，審減18768505.12元。2016年3月28日，翔宇建設(shè)公司兩次函復(fù)亦不予認可。隨后，翔宇建設(shè)公司于2016年4月28日致函百利開發(fā)公司，要求其按約依法依規(guī)調(diào)整審計結(jié)論并出具審計報告。至翔宇建設(shè)公司起訴，百利開發(fā)公司未向翔宇建設(shè)公司送達該審計報告。
訴訟中，經(jīng)翔宇建設(shè)公司申請、雙方當(dāng)事人選定、一審法院委托，湖北東方宏宇工程咨詢有限責(zé)任公司對案涉工程造價進行鑒定。為此，翔宇建設(shè)公司支付鑒定費620000元。鑒定中，因雙方對人工費調(diào)整的適用依據(jù)即《省調(diào)價通知》產(chǎn)生爭議，翔宇建設(shè)公司主張適用案涉補充協(xié)議約定的鄂建文[2012]85號文件，百利開發(fā)公司主張適用案涉合同約定的鄂建文[2011]80號文件，鑒定公司即湖北東方宏宇工程咨詢有限責(zé)任公司遂依據(jù)不同的適用依據(jù)，分別出具《造價鑒定意見》，結(jié)論為：（一）鑒定工程造價（人工調(diào)差按鄂建文〖2011〗80號文）為58666317.73元（詳見工程造價鑒定匯總表）；(二)鑒定工程造價（人工調(diào)差按鄂建文〖2012〗85號文）為61614327.63元（詳見工程造價鑒定匯總表）。前述兩項結(jié)論中均計入工傷保險費124171.70元，招標(biāo)代理費及工程款未按時支付利息未計入工程造價鑒定范圍內(nèi)。
另查明，湖北省住房和城鄉(xiāng)建設(shè)廳于2012年10月24日頒布《關(guān)于調(diào)整我省現(xiàn)行建設(shè)工程計價依據(jù)定額人工單價的通知》即省調(diào)價通知，其中：調(diào)整方法規(guī)定：不論采用定額計價模式或工程量清單計價模式，調(diào)整后的人工費與原人工費之間的差額，計取稅金后單獨列項，計入含稅工程造價；執(zhí)行時間規(guī)定：自2012年12月1日起執(zhí)行。①2012年12月1日前已完成的工程量，定額人工單價不再調(diào)整；②從2012年12月1日起完成的工程量按本通知的規(guī)定執(zhí)行；③2012年12月1日起進行招投標(biāo)的工程，應(yīng)按本通知規(guī)定的定額人工單價和調(diào)整方法計算招標(biāo)控制價；④從2012年12月1日起鄂建文[2011]80號文停止執(zhí)行。
恩施自治州人民政府于2014年1月17日頒布《關(guān)于減輕企業(yè)社會保險負擔(dān)有關(guān)問題的意見》[恩施州政發(fā)（2014）1號]，規(guī)定：建筑行業(yè)工傷保險繳費最低標(biāo)準(zhǔn)階段性調(diào)整為項目工程造價的7‰。造價管理機構(gòu)要將建筑施工企業(yè)繳納的工傷保險費列入建筑工程竣工決算。2014年4月22日，恩施市醫(yī)療保險管理局向翔宇建設(shè)公司送達《工傷保險費征集通知》，其中核定翔宇建設(shè)公司應(yīng)當(dāng)為案涉工程申報工傷保險費590230元。翔宇建設(shè)公司于2014年9月16日支付該款。
訴訟中，經(jīng)翔宇建設(shè)公司申請并提供訴訟財產(chǎn)保全保險，一審法院裁定：一、查封百利開發(fā)公司位于恩施市舞陽街道辦事處（原黃泥壩煙草倉庫）百佳苑小區(qū)項目B棟1單元-0201的地下車庫，面積為5988.69平方米；二、查封百利開發(fā)公司位于恩施市舞陽街道辦事處（原黃泥壩煙草倉庫）百佳苑小區(qū)項目B棟1單元-0101的地下車庫，面積為3379.80平方米。翔宇建設(shè)公司為此支付保全申請費5000元、保險費21641.75元。
審理中，翔宇建設(shè)公司對鑒定意見中未計入造價的工傷保險費466058.30元、塔基基礎(chǔ)造價196517.10元、招標(biāo)代理費223500元提出了異議，主張計入造價。
一審法院認為，根據(jù)庭審調(diào)查，雙方爭議的焦點在于人工單價的適用標(biāo)準(zhǔn)。翔宇建設(shè)公司主張按鄂建文[2012]85號《省調(diào)價通知》調(diào)整計算，百利開發(fā)公司主張按鄂建文[2011]80號《省調(diào)價通知》計算，不予調(diào)整。同時，百利開發(fā)公司認為，案涉補充協(xié)議對備案的建設(shè)合同作了實質(zhì)性變更，為無效協(xié)議。對此，一審法院作如下評述：
一、關(guān)于案涉補充協(xié)議的效力。
1.在案涉工程的招投標(biāo)中，百利開發(fā)公司即于招標(biāo)文件中將合同價格調(diào)整方式規(guī)定“采用固定單價合同”，即按實際工程量以固定單價計算工程款。在案涉合同中，雙方雖對工程價款約定為“固定總價”，即“合同價格為59023001.89元，除根據(jù)合同約定的在工程實施過程中需進行增減的款項外，合同價格不作調(diào)整?！睂θ斯蝺r的適用標(biāo)準(zhǔn)于招投標(biāo)文件第70條之補充條款約定為“按照鄂建文[2011]80號《省調(diào)價通知》進行調(diào)整”。但該固定總價的約定不符合招投標(biāo)文件中固定單價的規(guī)定。
2.案涉合同雖對工程價款約定為固定總價，但同時又對合同價格的變更和調(diào)整約定為“見補充協(xié)議”，即存在變更“固定總價”的可能，該約定相互矛盾。
3.案涉補充協(xié)議與案涉合同簽訂日期相同，且雙方依案涉合同中“見補充協(xié)議”的約定，簽訂了案涉補充協(xié)議。可以說明在補充協(xié)議簽訂前，雙方對補充協(xié)議即已有過磋商并形成合意?？梢姡干嫜a充協(xié)議系雙方真實意思表示。
4.補充協(xié)議中將合同價格由“合同總價”調(diào)整為“固定單價”，符合招投標(biāo)文件中固定單價的規(guī)定，亦未違反中標(biāo)合同即備案合同即案涉合同中“合同價格的變更和調(diào)整為‘見補充協(xié)議’”的約定。
故，經(jīng)招投標(biāo)程序簽訂的案涉合同，及于案涉合同外經(jīng)雙方合意，并按案涉合同的約定簽訂的案涉補充協(xié)議，均系雙方真實意思表示，其內(nèi)容未違反法律、行政法規(guī)的禁止性規(guī)定，合法有效，雙方均應(yīng)誠實、完全履行。否則，應(yīng)當(dāng)承擔(dān)違約責(zé)任。百利開發(fā)公司認為案涉補充協(xié)議對案涉合同作了實質(zhì)性變更，應(yīng)為無效的抗辯理由不能成立，不予支持。
二、關(guān)于人工單價的調(diào)整
1.人工單價的調(diào)整為雙方于案涉補充協(xié)議中的約定，補充協(xié)議為有效。
2.雙方于案涉補充協(xié)議中約定“政策性文件引起的價款變更按文件規(guī)定執(zhí)行”，并于其補充條款中約定“人工單價按照鄂建文[2012]85號《省調(diào)價通知》進行調(diào)整”，雙方應(yīng)當(dāng)按此約定履行。
3.鄂建文[2012]85號《省調(diào)價通知》規(guī)定：“不論采用定額計價模式或工程量清單計價模式，調(diào)整后的人工費與原人工費之間的差額，計取稅金后單獨列項，計入含稅工程造價；執(zhí)行時間規(guī)定：自2012年12月1日起執(zhí)行?！卑干婧贤c案涉補充協(xié)議均于2012年12月1日之后即2013年5月23日簽訂。該文同時明確規(guī)定“從2012年12月1日起完成的工程量按本通知的規(guī)定執(zhí)行”，案涉工程開工令于2013年10月5日下達，翔宇建設(shè)公司所施工之工程量亦完成于2012年12月1日之后。從時效方面分析，應(yīng)當(dāng)適用鄂建文[2012]85號《省調(diào)價通知》。
故，人工單價應(yīng)按鄂建文[2012]85號《省調(diào)價通知》執(zhí)行。同理，對《造價鑒定意見》，應(yīng)當(dāng)采用（鄂[2012]85號文）《造價鑒定意見》。百利開發(fā)公司主張采用（鄂[2011]80號文）《造價鑒定意見》的抗辯理由，不符合約定，不予采納。
三、對《造價鑒定意見》中未計入的工傷保險費、塔基基礎(chǔ)造價的處理。
1.對工傷保險費的處理意見：合同有約定的應(yīng)當(dāng)依照合同處理，無約定的應(yīng)當(dāng)依照法律、行政法規(guī)規(guī)定，無法律、行政法規(guī)規(guī)定的可以參照相關(guān)政策處理。對工傷保險費，雙方未于合同中約定。恩施自治州人民政府頒布的《關(guān)于減輕企業(yè)社會保險負擔(dān)有關(guān)問題的意見》明確規(guī)定：建筑施工企業(yè)繳納的工傷保險費列入建筑工程竣工決算。該政策來源于湖北省委“保企業(yè)、保運行、保增速”要求，將建筑業(yè)等高風(fēng)險行業(yè)農(nóng)民工納入工傷保險，保障農(nóng)民工合法權(quán)益。故，一審法院參照處理，該項費用應(yīng)當(dāng)以翔宇建設(shè)公司實際繳納數(shù)將其“列入建筑工程竣工決算”后由建設(shè)單位即百利開發(fā)公司承擔(dān)。據(jù)此，翔宇建設(shè)公司支付的工傷保險費590230元應(yīng)全部計入工程造價，即在《造價鑒定意見》已計入124171.70元，還應(yīng)計入466058.30元。
2.關(guān)于塔基基礎(chǔ)工程造價的處理：翔宇建設(shè)公司未提供證據(jù)證實塔基基礎(chǔ)造價另行計算，翔宇建設(shè)公司單獨主張，沒有事實依據(jù)，一審法院不予支持。
綜上，一審法院確認案涉項目總造價為：62080385.93元（61614327.63元+466058.30元）。百利開發(fā)公司已支付49797740.36元，尚欠12282645.57元（其中包含質(zhì)量保證金3104019.30元）。根據(jù)《補充協(xié)議書》第五條約定以及《招標(biāo)文件》第三部分專用條款第61.3.4質(zhì)量保證金返還的其它約定：“①工程質(zhì)量驗收后24個月內(nèi)質(zhì)量無缺陷，無息返還4%；②余下1%，待質(zhì)量保修責(zé)任期滿后一次性無息返還?！卑干婀こ逃?015年8月28日竣工驗收并交付使用，備案工作應(yīng)為百利開發(fā)公司的完成，且在竣工驗收后兩年內(nèi)未提出質(zhì)量問題，故百利開發(fā)公司扣留特別約定的質(zhì)保金620803.85元后，應(yīng)當(dāng)支付其余應(yīng)付工程款即11661841.72元。
三、關(guān)于翔宇建設(shè)公司請求的其他費用
㈠工程款遲延支付利息
①施工期間未按時支付工程進度款的利息(至竣工驗收月2015年8月28日)。案涉合同之第二部分通用條款第十四條合同總價和付款之14.9付款時間延誤14.9.1規(guī)定：“因發(fā)包人的原因未能按14.8.3款[工程進度款：⑴按月工程進度申請與付款（略）。⑵按付款計劃表申請與付款。依據(jù)14.7.1款按付款計劃表申請付款與付款時，發(fā)包人應(yīng)在收到承包人按14.7.1款提交的每期付款申請報告之日起的25日內(nèi)審查并支付。]約定的時間向承包人支付工程進度款的，應(yīng)從發(fā)包人收到付款申請報告后的第26日開始，以中國人民銀行頒布的同期同類貸款利率向承包人支付延期付款利息，作為延期付款的違約金額?！钡谌糠謱Ｓ脳l款第十四條合同總價和付款之14.4.1工程進度款的支付方式、支付條件和支付時間的約定為“見補充協(xié)議”。補充協(xié)議中對工程進度款進行了約定，同時于違約責(zé)任中約定“任何一方有其他違約行為的，須向守約方支付違約金2000000元，并賠償守約方因此造成的損失?！崩⒌某袚?dān)亦屬違約責(zé)任的一種承擔(dān)方式，故，百利開發(fā)公司應(yīng)當(dāng)按約承擔(dān)未按期支付工程進度款，從而給翔宇公司造成的利息損失即按照年利率6%計算至2016年2月3日（具體見明細表）為3780776.50元，其應(yīng)當(dāng)承擔(dān)。
②竣工驗收后未付款利息(2015年8月29日至2018年12月30日)135891.92元。因質(zhì)保金系無息返還，故翔宇建設(shè)公司計算的質(zhì)保金利息應(yīng)予扣除。審理中，翔宇建設(shè)公司主張扣除質(zhì)保金利息即455876.97元?；谕侠碛?，百利開發(fā)公司未按約支付工程款，應(yīng)當(dāng)按約承擔(dān)未付工程款利息。
上述利息至2018年12月30日，共計為3460791.45元（3780776.50元+135891.92元-455876.97元）。對之后的利息，百利開發(fā)公司仍應(yīng)繼續(xù)承擔(dān)至其支付之日。
㈡招標(biāo)代理費
如前所述，合同有約定的依照約定進行處理，合同沒有約定的，應(yīng)當(dāng)依照法律、行政法規(guī)、規(guī)章乃至相關(guān)政策的規(guī)定予以處理。對招標(biāo)代理費，雙方?jīng)]有合同約定。根據(jù)《招標(biāo)代理服務(wù)收費管理暫行辦法》第十條“招標(biāo)代理服務(wù)實行‘誰委托誰付費’。工程招標(biāo)委托人支付的招標(biāo)代理服務(wù)費,可計入工程前期費用。貨物招標(biāo)和服務(wù)招標(biāo)委托人支付的招標(biāo)代理服務(wù)費,按照財政部門規(guī)定列支。”的規(guī)定，由于該項費用“誰委托誰付費”，本應(yīng)由招標(biāo)委托人即百利開發(fā)公司承擔(dān)，現(xiàn)已由翔宇建設(shè)公司墊付，百利開發(fā)公司應(yīng)當(dāng)支付給翔宇建設(shè)公司，該款金額為223500元。
另，《招標(biāo)代理服務(wù)收費管理暫行辦法》于2016年1月1日失效。案涉建設(shè)行為發(fā)生于2013年5月，竣工驗收合格于2015年8月，移交于2015年9月。故，該費用的處理應(yīng)當(dāng)適用當(dāng)時的行政規(guī)章即《招標(biāo)代理服務(wù)收費管理暫行辦法》的規(guī)定，由百利開發(fā)公司承擔(dān)。
㈢違約金
按照合同約定，百利開發(fā)公司因其違約行為應(yīng)當(dāng)承擔(dān)違約金2000000元。
㈣司法鑒定費
因百利開發(fā)公司違約行為導(dǎo)致翔宇建設(shè)公司申請對案涉工程造價進行司法鑒定，由此給翔宇建設(shè)公司造成的司法鑒定費620000元損失，百利開發(fā)公司應(yīng)當(dāng)承擔(dān)。
㈤保全保險費
因保全保險方式非為申請保全提供擔(dān)保的唯一方式，翔宇公司亦可采用其他方式為申請保全提供擔(dān)保，即該項費用并非翔宇建設(shè)公司必然遭受的損失，加之，雙方對此無約定。故，不應(yīng)當(dāng)由百利開發(fā)公司承擔(dān)。
前述已確定項目金額為：案涉工程款欠款11661841.72元、2018年12月30日前的利息3460791.45元、違約金2000000元、招標(biāo)代理費223500元、司法鑒定費620000元。
四、煙草供應(yīng)公司的民事責(zé)任
百利開發(fā)公司為法人獨資企業(yè)，系由其母公司即煙草供應(yīng)公司注資設(shè)立的有限責(zé)任公司，具備公司法規(guī)定的法人資格。對其注冊資本的繳納，在翔宇建設(shè)公司提出異議后，煙草供應(yīng)公司提供了其已經(jīng)足額繳納注冊資本的證據(jù)，之后，翔宇建設(shè)公司未再提供能夠證明煙草供應(yīng)公司應(yīng)當(dāng)承擔(dān)連帶責(zé)任的證據(jù)，故其該項訴訟請求不能成立，不予支持。反之，煙草供應(yīng)公司的該項抗辯主張，理由成立，予以采納。
五、關(guān)于優(yōu)先受償權(quán)的問題。案涉工程于2015年8月28日已竣工驗收，翔宇建設(shè)公司主張優(yōu)先受償權(quán)時已超過六個月期限。故，一審法院對翔宇公司該項主張不予支持。
綜上所述，依照《中華人民共和國合同法》第六十條第一款、第二百零七條、第二百七十九條、第二百八十六條、《中華人民共和國民事訴訟法》第六十四條、第一百四十二條之規(guī)定，判決：一、恩施百利房地產(chǎn)開發(fā)有限責(zé)任公司于判決生效之日起15日內(nèi)向恩施自治州翔宇建設(shè)工程有限公司支付尚欠工程款11661841.72元及利息3460791.45元（至2018年12月30日），并自2019年1月1日起以尚欠工程款11661841.72元為本金，按照中國人民銀行發(fā)布的同期同類貸款利率繼續(xù)承擔(dān)利息至支付之日；二、恩施百利房地產(chǎn)開發(fā)有限責(zé)任公司于判決生效之日起15日內(nèi)向恩施自治州翔宇建設(shè)工程有限公司支付違約金2000000元、招標(biāo)代理費223500元、司法鑒定費620000元，合計2843500元；三、恩施州煙草物資供應(yīng)有限責(zé)任公司在本案中不承擔(dān)民事責(zé)任；四、駁回恩施自治州翔宇建設(shè)工程有限公司的其他訴訟請求。案件受理費129800元、保全申請費5000元，共計134800元，由恩施自治州翔宇建設(shè)工程有限公司負擔(dān)9436元，恩施百利房地產(chǎn)開發(fā)有限責(zé)任公司負擔(dān)125364元。
二審中，百利開發(fā)公司向本院提交了一組證據(jù)：2015年10月10日協(xié)議書復(fù)印件一份、2015年4月13日協(xié)議書復(fù)印件一份，擬證明：在涉案工程施工過程中，翔宇建設(shè)公司從百利開發(fā)公司處預(yù)借工程款5000000元，資金占用費420000元，其中3000000元本金已經(jīng)抵扣，是從應(yīng)付的履約保證金中抵扣的。另2000000元本金尚未抵扣，而且翔宇建設(shè)公司承諾從應(yīng)付的工程款中最終予以抵扣，所以翔宇開發(fā)公司在本案中應(yīng)獲得工程款中還應(yīng)當(dāng)?shù)挚?420000元。本院組織雙方當(dāng)事人進行了質(zhì)證，雙方當(dāng)事人一致認可翔宇建設(shè)公司從百利開發(fā)公司處預(yù)借工程款5000000元，其中3000000元已從應(yīng)付的履約保證金中抵扣，另2000000元已在已付工程款中抵扣。雙方一致同意資金占用費420000元在應(yīng)付工程款抵扣。
二審經(jīng)審理查明，涉案項目總造價62080385.93元，百利開發(fā)公司已支付工程款為49797740.36元。翔宇建設(shè)公司應(yīng)向百利開發(fā)公司承擔(dān)的預(yù)借工程款5000000元的資金占用費420000元，雙方同意在百利開發(fā)公司應(yīng)付工程款中抵扣，百利開發(fā)公司實際支付款項應(yīng)為50217740.36元。一審查明的其他事實屬實，本院予以確認。

本院認為，本案爭議的焦點為：一、涉案《補充協(xié)議書》是否有效；二、2013年9月5日《會議紀要》能否作為鑒定參考依據(jù)；三、《造價鑒定意見》中關(guān)于爭議部分的計價方法是否存在錯誤；四、百利開發(fā)公司是否應(yīng)向翔宇建設(shè)公司支付工程款遲延利息及違約金；五、涉案工傷保險費、工程招標(biāo)代理費及司法鑒定費應(yīng)如何負擔(dān)；六、百利開發(fā)公司扣留特別約定的質(zhì)保金620803.85元是否應(yīng)立即退還。對此分析評判如下：
一、關(guān)于涉案《補充協(xié)議書》的效力問題。
認定《補充協(xié)議書》的效力關(guān)鍵審查《補充協(xié)議書》有無對涉案工程招投標(biāo)文件的內(nèi)容進行實質(zhì)性變更。涉案工程的招投標(biāo)文件將合同價格調(diào)整方式規(guī)定“采用固定單價合同”，《建設(shè)項目工程總承包合同》約定合同價格為59023001.89元，除根據(jù)合同約定的在工程實施過程中需進行增減的款項外，合同價格不作調(diào)整。該合同通用條款第13.6合同價格調(diào)整第（1）項約定合同簽訂后，因法律、國家政策和需遵守的行業(yè)規(guī)定發(fā)生變化，影響到合同價格增減的，合同價格可以調(diào)整。鄂建文[2012]85號《省調(diào)價通知》自2012年12月1日起執(zhí)行。涉案工程招標(biāo)文件于2012年10月17日發(fā)布，在鄂建文[2012]85號《省調(diào)價通知》開始執(zhí)行之前。但《建設(shè)項目工程總承包合同》及《補充協(xié)議書》于2013年5月23日簽訂，在鄂建文[2012]85號《省調(diào)價通知》開始執(zhí)行之后。鄂建文[2012]85號《省調(diào)價通知》明確規(guī)定從2012年12月1日起完成的工程量按本通知的規(guī)定執(zhí)行，涉案工程開工令于2013年10月5日下達，翔宇建設(shè)公司所施工涉案工程量完成于2012年12月1日之后，涉案工程量人工單價應(yīng)按鄂建文[2012]85號《省調(diào)價通知》的規(guī)定執(zhí)行。并且，根據(jù)我國工程建設(shè)特點，投標(biāo)人應(yīng)完全承擔(dān)的風(fēng)險是技術(shù)風(fēng)險和管理風(fēng)險，如管理費和利潤;應(yīng)有限度承擔(dān)的是市場風(fēng)險，如材料風(fēng)險、施工機械使用費等的價格風(fēng)險;應(yīng)不完全承擔(dān)的是法律、法規(guī)、規(guī)章和政策變化的風(fēng)險。如稅金、規(guī)費、人工單價等，應(yīng)當(dāng)按當(dāng)?shù)卦靸r管理機構(gòu)發(fā)布的文件據(jù)實調(diào)整。故《補充協(xié)議書》對招投標(biāo)文件中關(guān)于人工單價的適用標(biāo)準(zhǔn)按照鄂建文[2011]80號《省調(diào)價通知》進行調(diào)整，變更為按鄂建文[2012]85號《省調(diào)價通知》進行調(diào)整，完全是因湖北省行業(yè)規(guī)定發(fā)生變化而進行的變更，人工單價的調(diào)整是因政策變化，該風(fēng)險是投標(biāo)人完全不應(yīng)承擔(dān)的風(fēng)險。故《補充協(xié)議書》并未改變涉案工程招投標(biāo)文件的實質(zhì)性內(nèi)容?！堆a充協(xié)議書》與《建設(shè)項目工程總承包合同》簽訂日期相同，且《補充協(xié)議書》是根據(jù)《建設(shè)項目工程總承包合同》的約定而簽訂，是合同簽訂雙方經(jīng)過磋商后形成的一致意見，《補充協(xié)議書》系雙方當(dāng)事人真實意思表示，其內(nèi)容未違反法律、行政法規(guī)的強制性規(guī)定，合法有效，雙方均應(yīng)遵循誠實信用原則，秉持誠信、恪守承諾，按照《補充協(xié)議書》的約定全面履行各自的權(quán)利和義務(wù)。涉案工程款關(guān)于的結(jié)算應(yīng)按鄂建文[2012]85號《省調(diào)價通知》執(zhí)行，一審判決采用（鄂[2012]85號文）《造價鑒定意見》認定涉案工程款并無不當(dāng)。百利開發(fā)公司上訴稱《補充協(xié)議書》對招投標(biāo)文件的內(nèi)容作了實質(zhì)性變更，應(yīng)為無效的理由不能成立，本院不予支持。
二、關(guān)于2013年9月5日《會議紀要》能否作為鑒定參考依據(jù)的問題。
該《會議紀要》是涉案工程建設(shè)方、監(jiān)理方、施工方代表于2013年9月4日召開現(xiàn)場辦公會形成的，百利開發(fā)公司在《會議紀要》尾部蓋章。故該《會議紀要》是百利開發(fā)公司的真實意思表示，客觀真實，應(yīng)作為鑒定參考的依據(jù)。百利開發(fā)公司上訴稱該《會議紀要》不真實，但對該上訴主張未提交證據(jù)予以證實，應(yīng)承擔(dān)舉證不能的法律后果。
三、關(guān)于《造價鑒定意見》中關(guān)于爭議部分的計價方法是否存在錯誤的問題。
《造價鑒定意見》是鑒定機構(gòu)依據(jù)雙方當(dāng)事人提交的合同、補充協(xié)議書及相關(guān)施工資料，經(jīng)過現(xiàn)場勘驗，并就雙方存在異議的部分進行了核對，形成了雙方當(dāng)事人簽字確認的工程量及價格后，依照雙方當(dāng)事人的約定及相關(guān)定額計算分析后作出的，也征求了雙方當(dāng)事人的意見。其程序合法，鑒定意見有效。百利開發(fā)公司在二審中提出的部分土石方開挖工程量不實等問題，已在一審中進行了核實，百利開發(fā)公司在二審中并沒有提出新的證據(jù)，該《造價鑒定意見》應(yīng)予采信。
四、關(guān)于百利開發(fā)公司是否應(yīng)向翔宇建設(shè)公司支付工程款遲延利息及違約金的問題。
根據(jù)《建設(shè)項目工程總承包合同》通用條款第十四條14.9.1及《補充協(xié)議書》第五條“工程價款支付”的約定，百利開發(fā)公司應(yīng)當(dāng)按照工程進度分期支付工程款，翔宇建設(shè)公司一審時提交的工程進度確認預(yù)付工程款明細表、付款申請書及關(guān)于要求盡快支付工程進度款的函等證據(jù)能證明百利開發(fā)公司在合同履行過程中，沒有按照合同約定足額按時支付工程款，百利開發(fā)公司的行為構(gòu)成違約，應(yīng)當(dāng)依照合同約定以中國人民銀行頒布的同期同類貸款利率向翔宇建設(shè)公司支付延期付款利息，作為延期付款的違約金額。故，一審判決百利開發(fā)公司向翔宇建設(shè)公司支付延期付款利息并無不當(dāng)。同時，《補充協(xié)議書》第八條關(guān)于違約責(zé)任約定“任何一方有其他違約行為的，須向守約方支付違約金2000000元，并賠償守約方因此造成的損失”。違約金在法律定性和功能上以賠償或填補損失為主，同時兼具懲罰性。百利開發(fā)公司遲延向翔宇建設(shè)公司支付工程款給翔宇建設(shè)公司造成的損失主要為資金占用期間的利息損失，一審判決百利開發(fā)公司向翔宇建設(shè)公司支付延期付款利息能填補翔宇建設(shè)公司的損失，并且根據(jù)合同約定，該延期付款利息亦具有違約金性質(zhì)。一審判決百利開發(fā)公司向翔宇建設(shè)公司支付延期付款利息的同時支持違約金2000000元，有失公平，本院予以糾正，對翔宇建設(shè)公司主張的違約金2000000元不予支持。
五、關(guān)于涉案工傷保險費、工程招標(biāo)代理費及司法鑒定費應(yīng)如何負擔(dān)的問題。
1.關(guān)于工傷保險費，《建設(shè)項目工程總承包合同》通用條款第13.6合同價格調(diào)整第（1）項約定合同簽訂后，因法律、國家政策和需遵守的行業(yè)規(guī)定發(fā)生變化，影響到合同價格增減的，合同價格可以調(diào)整?！堆a充協(xié)議書》第四條合同價款與調(diào)整第2款約定政策性文件引起的價款變更按文件規(guī)定執(zhí)行。2014年1月17日恩施自治州人民政府頒布“恩施州政發(fā)[2014]1號”《關(guān)于減輕企業(yè)社會保險負擔(dān)有關(guān)問題的意見》，該意見規(guī)定：建筑行業(yè)工傷保險繳費最低標(biāo)準(zhǔn)階段性調(diào)整為項目工程造價的7‰，造價管理機構(gòu)要將建筑施工企業(yè)繳納的工傷保險費列入建筑工程竣工決算。雖然在招投標(biāo)中，翔宇建設(shè)公司在投標(biāo)報價中按當(dāng)時的規(guī)定計取了工傷保險費，但因政策文件的變化，工傷保險費可以進行調(diào)整。根據(jù)我國工程建設(shè)特點，法律、法規(guī)、規(guī)章和政策變化導(dǎo)致工程價款增減的風(fēng)險應(yīng)屬投標(biāo)人完全不承擔(dān)的風(fēng)險。故一審判決涉案工傷保險費466058.3元由百利開發(fā)公司承擔(dān)并無不當(dāng)。
2.關(guān)于工程招標(biāo)代理費，《招標(biāo)代理服務(wù)收費管理暫行辦法》第十條規(guī)定：“招標(biāo)代理服務(wù)實行‘誰委托誰付費’。工程招標(biāo)委托人支付的招標(biāo)代理服務(wù)費,可計入工程前期費用。貨物招標(biāo)和服務(wù)招標(biāo)委托人支付的招標(biāo)代理服務(wù)費,按照財政部門規(guī)定列支。”涉案工程招標(biāo)代理費應(yīng)由招標(biāo)委托人百利開發(fā)公司承擔(dān)，因翔宇建設(shè)公司已墊付，一審判決百利開發(fā)公司將涉案工程招標(biāo)代理費支付給翔宇建設(shè)公司并無不當(dāng)。
3.關(guān)于司法鑒定費，因百利開發(fā)公司違約行為導(dǎo)致翔宇建設(shè)公司申請對涉案工程造價進行司法鑒定，由此給翔宇建設(shè)公司造成的司法鑒定費620000元損失，應(yīng)由百利開發(fā)公司承擔(dān)。
六、關(guān)于百利開發(fā)公司扣留特別約定的質(zhì)保金620803.85元是否應(yīng)立即退還的問題。關(guān)于質(zhì)保金的退還，雙方在合同中已經(jīng)明確約定，余下的1%應(yīng)在質(zhì)量保修責(zé)任期滿后，無息退還，同時雙方在《工程質(zhì)量保修書》中對質(zhì)量保修責(zé)任期有專門約定，上述約定不違反法律的強制性規(guī)定，合法有效。因此，翔宇建設(shè)公司主張的1%的質(zhì)保金還沒達到退還的條件。對于翔宇建設(shè)公司的上訴請求不予支持，待達到退還條件時翔宇建設(shè)公司可另行主張。
綜上所述，翔宇建設(shè)公司的上訴請求不能成立，本院不予支持。涉案項目總造價62080385.93元，百利開發(fā)公司實際支付50217740.36元，扣除雙方特別約定的質(zhì)保金620803.85元，百利開發(fā)公司還應(yīng)支付11241841.72元。百利開發(fā)公司的上訴請求部分成立。依照《中華人民共和國合同法》第六十條第一款、第一百一十四條、第二百零七條、第二百七十九條、第二百八十六條、《最高人民法院關(guān)于適用﹤中華人民共和國合同法﹥?nèi)舾蓡栴}的解釋（二）》第二十八條、第二十九條、《中華人民共和國民事訴訟法》第一百七十條第一款第二項規(guī)定，判決如下：

一、維持湖北省恩施市人民法院（2018）鄂2801民初12號民事判決第三項即恩施州煙草物資供應(yīng)有限責(zé)任公司在本案中不承擔(dān)民事責(zé)任；
二、變更湖北省恩施市人民法院（2018）鄂2801民初12號民事判決第一項：恩施百利房地產(chǎn)開發(fā)有限責(zé)任公司于判決生效之日起15日內(nèi)向恩施自治州翔宇建設(shè)工程有限公司支付尚欠工程款11241841.72元、及利息3460791.45元（至2018年12月30日），并自2019年1月1日起以尚欠工程款11241841.72元為本金，按照中國人民銀行發(fā)布的同期同類貸款利率繼續(xù)承擔(dān)利息至支付之日；
二、撤銷湖北省恩施市人民法院（2018）鄂2801民初12號民事判決第二項即恩施百利房地產(chǎn)開發(fā)有限責(zé)任公司于判決生效之日起15日內(nèi)向恩施自治州翔宇建設(shè)工程有限公司支付違約金2000000元、招標(biāo)代理費223500元、司法鑒定費620000元，合計2843500元；第四項即駁回恩施自治州翔宇建設(shè)工程有限公司的其他訴訟請求；
三、恩施百利房地產(chǎn)開發(fā)有限責(zé)任公司于判決生效之日起15日內(nèi)向恩施自治州翔宇建設(shè)工程有限公司支付招標(biāo)代理費223500元、司法鑒定費620000元，合計843500元；
四、駁回恩施自治州翔宇建設(shè)工程有限公司的其他訴訟請求。
一審案件受理費129800元、保全申請費5000元，共計134800元，由恩施自治州翔宇建設(shè)工程有限公司負擔(dān)24800元，由恩施百利房地產(chǎn)開發(fā)有限責(zé)任公司負擔(dān)110000元；二審案件受理費139605元，由恩施自治州翔宇建設(shè)工程有限公司負擔(dān)29605元，由恩施百利房地產(chǎn)開發(fā)有限責(zé)任公司負擔(dān)110000元。
本判決為終審判決。